Répétition tandem avec évolution
Un nouveau type de répétition a été mis en évidence durant l'assemblage du génome humain, les répétitions en tandem avec évolution.
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- La superposition des données quant au nombre de copies et la phylogénie fondée... évolution ; RAPD ; répétitions subtélomériques en tandem ; Ægilops ; blé... (source : cat.inist)
Un nouveau type de répétition a été mis en évidence durant l'assemblage du génome humain, les répétitions en tandem avec évolution (notées aussi «e. t. r.», evolutive tandem repeat). Une telle répétition consiste en une suite de copies plus ou moins contiguës où chaque copie est fortement comparable à celle qui la précède ainsi qu'à celle qui lui succède. Il n'existe pas de notion de modèle comme pour les répétitions en tandem «classiques» et la première et la dernière copies peuvent être totalement différentes.
Par exemple :
- AGCGGCGCCGACGAA
est une e. t. r. pour des copies de longueur 3 avec 1 erreur autorisée.
La notion d'e. t. r. est en réalité plus générale. En effet, il est reconnu que les copies sont proches mais pas obligatoirement contiguës car les sauts, ie. brèches (gaps) et chevauchements, entre deux copies successives d'une e. t. r. sont habituels dans les séquences biologiques.
Par exemple :
- AAATAACAGCGC
est une e. t. r. pour des copies de longueur 3 avec 1 erreur autorisée et un saut de longueur 1.
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